当今世界最著名的维也纳新年音乐会的诞生是不同寻常的，它开始于乐团晦暗的年代——1939年，当时在欧洲爆发的战争演化成了第二次世界大战。由于局势变化很快，乐团内部出现了很多派别，各持自己的主张。就在这个紧要关头，乐团举行了一场全部由施特劳斯家族作品组成的音乐会，它向外界发布一个信息(这个信息远远超出了音乐的本身)，表明了维也纳爱乐协会和维也纳爱乐乐团对奥地利的忠诚。
　　这场音乐会于1939年12月31日举行，30日举行了公开的排演。这次演出日后成了奥地利丰厚的文化传统的一部分。第一次真正意义上的新年音乐会是1941年1月1日的那次，指挥同样是克莱门斯·克劳斯。在战争年代，克劳斯掌管维也纳爱乐乐团的音乐会演出和爱乐乐团的私立学校，直到第二次世界大战结束。1945年1月，在战后艰难的岁月中，维也纳爱乐乐团依然忠诚于奥地利，1945年的举行的新年音乐会在1月2日还加演了一场。
　　1946年至1947年乐团的指挥换为约瑟夫·克里普斯，尽管他带领乐团首次在美国旧金山举行了新年音乐会，但并没有博得广泛的好评。1948年，克莱门斯·克劳斯重新执掌乐团，直到1954年克劳斯辞世，一共举行了7次新年音乐会。在克劳斯一生指挥的13次新年音乐会中，他把新年音乐会变成了维也纳的一个非常特殊的音乐活动。尽管没有电视将他的指挥艺术保存下来，但从存留的各种文献上我们仍可以认为，他对施特劳斯家族的作品的演绎至今仍具有权威性。